Матвей Сафонов является воспитанником футбольного клуба «Краснодар». Первый тренер - Александр Михайлович Рубцов.
Выступал за сборные России среди игроков до 15, до 16, до 17 и до 18 лет. Дебютировал в юношеской сборной 18 марта 2014 года в товарищеском матче с командой Кипра. С 2017 года выступал за сборную России среди игроков до 19 лет.
9 октября 2020 года был впервые вызван в главную сборную России для подготовки к матчам с командами Турции и Венгрии в рамках Лиги наций УЕФА.