По национальности - уйгур. Родился в Бишкеке, Киргизия.
Федерация футбола Кыргызской Республики пыталась привлечь Ильзата Ахметова сыграть за национальную сборную Кыргызстана.
5 ноября 2018 года главный тренер национальной сборной России Станислав Черчесов вызвал Ахметова на товарищеский матч с Германией и матч Лиги наций с командой Швеции. Однако из-за травмы вынужден был пропустить сбор сборной.
11 марта 2019 было объявлено, что Ахметов вызван в сборную России для матчей отборочного турнира к чемпионату Европы 2020 со сборными Бельгии и Казахстана.
Дебютировал за сборную 21 марта 2019 в матче с Бельгией.
